Struktur organisasi yang ada di Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta sudah sesuai dengan PP No 17 Tahun 2003 Tentang Sistem Pegelolaan dan Penyelenggaraan Pendidikan dan berdasarkan Surat Keputusan Ketua YKEP nomor KEP/22/III/2018 tanggal 7 Maret 2018 tentang Pengesahan Struktur dan Organisasi Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta.
| NO | NAMA | JABATAN |
| 1 | Prof. Dr. rer.nat.apt. Triana Hertiani, S.Si., M.Si. | Rektor |
| 2 | Wenny Savitri, S.Kep., Ns., MNS | Wakil Rektor I |
| 3 | Lily Yulaikhah, S.Si.T., M.Keb | Wakil Rektor II |
| 4 | Ida Nursanti, S.Kep.,Ns.,MPH | Dekan Fakultas Kesehatan (FKES) |
| 5 | Ngatoiatu Rahmani, S.Kep., Ns., MNS. | Wakil Dekan I FKES |
| 6 | Ekawati, S.Si.T., M.Kes | Wakil Dekan II FKES |
| 7 | Aris Wahyu Murdiyanto, S.Kom., M.Cs. | Dekan Fakultas Teknik dan Teknologi Informasi (FTTI) |
| 8 | Puji Winar Cahyo, S.Kom., M.Cs | Wakil Dekan I FTTI |
| 9 | Kartikadyota Kusumaningtyas, S.Pd., M.Cs | Wakil Dekan II FTTI |
| 10 | Edhy Tri Cahyono, S.Si, M.M. | Dekan Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial (FES) |
| 11 | Adi Heryadi, S.Psi., M.Psi.,Psikolog. | Wakil Dekan I FES |
| 12 | David Sulistiyantoro, S.E., M.Acc., Ak. | Wakil Dekan II FES |
| 13 | Dr. Tri Sunarsih,S.ST.,M.Kes | Ka. LPPM |
| 14 | Rahayu Iskandar, S. Kep, Ners., M.Kep | Ke. LPM |
| 15 | FX. Harry Moelyono, SE., M.H., | Ke. SPI |
| 16 | Niko Wahyu Nurcahyo, S.T | Ka. Biro Administrasi Akademik |
| 17 | Bambang Tri Sutrisno SP., S.Kom., M.Kom. | Ka. Biro KPA |
| 18 | Risty Prasetyawati, SIP., M.A. | Ka. Perpustakaan |
| 19 | Sudibyo, SM | Ka. Biro Umum Dan Keuangan |
| 20 | Sigid Nugroho Adhi, M.Eng. | Ka. Pusat Sistem Informasi |